大航海时代传说的跑商系统遵循着低买高卖的基本原则。玩家需要在不同港口之间寻找价格差，通过合理规划航线来获取最大利润。商业经验是跑商过程中非常重要的指标，每天获得的商业经验有上限，这个上限会随着玩家等级提升而增加。交易利润越高，获得的商业经验就越多。

船只仓位是影响跑商收益的关键因素。仓位越大，单次能运输的货物就越多，利润自然更高。副官船可以额外增加仓位，这个加成效果取决于副官的指挥属性。提升副舰长等级、增加信赖度以及装备更好的道具都能增强副官船的效果。此外，玩家角色的统帅属性也会影响副官船的仓位加成。

在航行过程中，物资管理非常重要。需要根据航程长短合理配置水、粮食、修船木材和炮弹等物资。同时要规划安全的航线，避免遭遇海盗袭击。航行中可能会遇到各种突发事件，比如船只漏水或水手暴动，这些都需要及时处理，否则可能导致货物损失甚至船只沉没。