虚空之痕玩法需要玩家组建两人小队进行挑战，每位奥特曼拥有3分钟的战斗时间。这个玩法与主线剧情紧密结合，随着章节推进会逐步解锁更多内容。相比其他后期玩法，虚空之痕的解锁条件较为简单，新手玩家可以很快参与其中。

当玩家等级达到20级后，虚空之痕玩法就会开启。在这个玩法中，玩家可以获得增幅器、核心、等离子合金等重要材料，这些资源对提升奥特曼战力至关重要。参与挑战需要消耗虚空之痕门票，门票可以通过每日任务、商店购买和战斗回响等途径获取。

虚空之痕玩法还有个特色设定，就是可以调整材料掉落倍率，最高可提升至三倍。不过需要注意的是，提高倍率的同时门票和体力消耗也会相应增加。建议玩家根据自身资源情况合理选择倍率，以获得最佳收益。