与系列作品一致，《宝可梦传说 Z-A》中同样收录了珍贵的闪光宝可梦。针对玩家普遍担忧的自动存档功能可能导致闪光宝可梦丢失的问题，游戏实际采用了全新保护机制，确认闪光个体一旦生成将永久存于地图，玩家可从容进行捕捉。

知名宝可梦内容创作者Austin John Plays通过实测视频详细解释了这一机制：尽管游戏启用了自动存档系统，但闪光宝可梦在生成后将持续存在于地图中，直至玩家与其发生互动（进入战斗或尝试捕获）。他特别指出：“游戏最多可同时记忆10只闪光宝可梦，为其预留了充足的捕捉窗口。”

这一机制已获玩家社群广泛验证。Reddit论坛中有玩家发帖称，其在遭遇闪光鲤鱼王后，不仅主动离开场景，还通过调整游戏内时间周期等多种操作进行测试，返回时该闪光个体依然在原处停留。多轮测试表明，时间流逝与地图切换均不会导致闪光宝可梦消失。

此项设计彻底解决了历代作品中对闪光宝可梦“稍纵即逝”的焦虑，结合本作最多10只闪光的存储上限，为玩家创造了更为宽松的稀有宝可梦收集环境。

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