游戏的故事发生在1999年的最后一天，一场突如其来的暴雨席卷全球。在这场暴雨中，地面快速积水，路上的行人纷纷消失。这场灾难与名为"重塑之手"的神秘组织有着密切关联。在这个人类与神秘学家共存的世界里，玩家将扮演"司辰"这一特殊角色。

司辰是神秘组织钦定的时代见证者，拥有能够免疫暴雨的特殊手提箱。玩家需要穿梭到不同世界的1999年最后一天，拯救那些被困在暴雨中的人类和神秘学家伙伴。这些神秘学家分属不同组织，有些友善，有些则充满敌意。

作为基金会管理者，玩家在游戏中将踏上对抗"重塑之手"的旅程。通过探索雨后的秘密，玩家将逐步揭开暴雨背后的真相。这场神秘的暴雨似乎会让一切倒退，将世界带回旧时代。

重返未来1999巧妙地将复古元素与现代风格相结合，营造出独特的欧美风情。游戏中的每个地点都充满工业时期的氛围，并通过小剧场的形式让玩家深入了解场景背景。回合制卡牌玩法与精彩剧情的结合，为玩家带来全新的游戏体验。